1997年5月，原柯曲乡卫生所和东吉乡卫生所于人员、设备并入县人民医院。1998年10月，县人民医院藏医科从县人民医院分离，成立甘德县藏医院。2001年12月县卫生监督科从县防疫站分离成立了甘德县卫生局卫生监督所。同月，成立甘德县疾病预防控制保健中心，撤销原县防疫站和妇幼保健站。2005年10月成立了柯曲镇卫生院。截止2006年底，全县共有卫生机构47个（不包括4个个体诊所）。其中医院2所；卫生院7个；疾病控制中心1个，卫生监督所1个；村卫生室36个，床位85张。卫生人员100人（包括安置人员17人，聘用人员2人），其中卫生技术人员92人（执业医师23人，执业助理医师26人，注册护士34人）。乡村医生36人。全县村卫生室覆盖率达100%。
　　2003年世界医生组织援助甘德县医疗卫生项目在甘德县实施，项目总投资701.4万元，其中：基础设施项目投资161.4万元，设备配置340万元，宣传教育及人员培训200万元。
　　2005年县疾控中心办公楼建成投入使用，县医院传染病区建成投入使用，县医院门诊楼投入使用，2005年—2006年度全县16个村卫生室建成并投入使用。与此同时，借助项目优势和省、州倾斜给全县各医疗卫生单位配备了心电监护仪、呼吸机、制氧机、500mAX光机，100mAX光机，心电图机、显微镜、B超机、半自动生化分析仪、综合手术床等医疗设备，有效改善了甘德县医疗设备落后、破损的现状。